El coro, un espacio rectangular a los pies de la iglesia, debió construirse en los últimos años del siglo XIV o comienzos del XV, en los mismos años que ésta. Por tanto, pertenecería también al estilo gótico mudéjar. Este espacio se ha transformado profundamente a lo largo del tiempo.

El cambio más importante se produjo en 1794 cuando se hizo el actual cielorraso que esconde las armaduras de madera originales de época mudéjar similares a las del templo.

En el siglo XV las paredes del coro debieron estar totalmente decoradas con pinturas murales. La más antigua e importante es la composición que aparece en la esquina derecha de la sala, que representa la figura del Arcángel San Miguel pesando las almas, a cuyos pies, en actitud orante, están representadas las infantas doña Inés y doña Isabel. En este mismo muro se abre una hornacina que contiene un Crucificado, en escultura de tamaño natural, que la tradición cuenta que perteneció a doña Inés y doña Isabel, por lo que la comunidad monástica siempre le ha llamado el Cristo de las Infantas. Es el típico Cristo gótico, sobre cruz arbórea, doliente y lacerado, con largo faldellín y escaso dominio del natural en la representación del cuerpo humano. También en el siglo XV este espacio del coro, como los dos claustros, estuvieron recubiertos con zócalos de azulejos toledanos de arista conformando una decoración vidriada magnífica. De estas decoraciones cerámicas quedan algunos restos aunque en 1928 se vendió gran parte.

La sillería de madera fue realizada a finales del siglo XVI. Los asientos están flanqueados por pilastras acanaladas jónicas que apean sobre dinteles con querubines. Los sitiales se rematan con frontones curvos y triangulares. Sobresale en el centro la silla prioral, ricamente tallada, cuyo respaldo aparece decorado con un óvalo con el Agnus Dei.

El retablo principal que preside el coro fue realizado ya en el siglo XVIII en estilo rococó. A los pies del mismo, directamente en el suelo, se ubican cuatro desgastadas laudas de pizarra del siglo XV, dos de las cuales son las tumbas de las infantas doña Inés y doña Isabel, hijas naturales del rey Enrique II de Trastámara, quienes llegaron a ser abadesas del convento.

En el centro de la sala (no es su ubicación original) se localiza el sepulcro exento, de alabastro, del fraile franciscano don Juan Enríquez, Confesor del rey Enrique III, Provincial de la Orden franciscana en Castilla, Obispo de Lugo y visitador del convento. Realizado entre 1410 y 1418 probablemente en el taller del toledano Ferrand González. La figura se dispone sobre una cama posada sobre lomos de leones que sostienen entre sus garras figuras humanas. El religioso va vestido con ropa episcopal y el cordón franciscano. A los pies figura un perro que vuelve la cabeza hacia su amo (símbolo de fidelidad a Cristo). El alabastro conserva importantes restos de la primitiva policromía.